Um es nochmal zusammen zu fassen:
CDI, Polrad (Rotor) und die Pickups (die bzw. der Impulsnehmer) gehören als Einheit zusammen.
Nimmt man den GPZ-Motor und lässt dessen Polrad drin, braucht es auch dessen CDI und die Pickups (bzw. den Pickup - je nachdem, ob es ein A- oder D-Modell ist) an der richtigen Stelle.
Baut man stattdessen das Polrad der KLE in den GPZ-Motor ein, muss auch die CDI der KLE eingebaut werden und der Pickup an der KLE-Position angebracht sein.
Die Pickups sollten untereinander baugleich sein (bin mir da aber nicht sicher, da noch nicht ausprobiert) - Hauptsache Anzahl und Position passen.
Der Stator im Deckel sollte sicher auch der gleiche sein (bin aber ebenfalls nicht sicher, da noch nicht verglichen).
Die Vergaser sind an sich baugleich, haben aber unterschiedliche Bedüsungen (was mit dem Sammelkrümmer zu tun hat), deshalb würde ich die Düsen der KLE übernehmen, sollte der Vergaser gewechselt werden.
Daneben gibt es noch die Varianten mit Sekundärluftsystem, mit Vergaserheizung und dem Gasminderungsventil. Kann alles übernommen werden, wenn der KLE-Vergaser eh drinnen bleibt.
Will man an die 60 PS der GPZ hinan, sollte man aber sichergehen, dass die entsprechenden Membrankolben nebst den richtigen Membrandeckeln verbaut sind. Die 60-PS-Unterdruckschieber sind ungelocht und die Deckel haben keine Hubwegbegrenzung.
Das Ritzel der KLE sollte auf die Antriebswelle des GPZ-Motors passen - also einfach übernehmen.
Wenn man nur einen andersfarbigen Motor möchte, hilft auch Lack in der entsprechender Farbe 
Mit den 60 PS ist das so eine Sache: die GPZ-A hat 16-Zoll-Räder, statt 17-Zoll bei der D. Deshalb gibt es da auch Unterschiede bei der Kettenübersetzung. Ich weiß grad nicht, welche Zähne bei der KLE verbaut sind - hat aber entsprechend einen Einfluss.
Ebenso die Radgrößen.
Daneben kommt die andere Zündzeitfolge und die andere Übersetzung des Getriebes hinzu (und auch der Zustand des Motors - zB. Kompression). Zwischen Kurbelwelle und Hinterrad gibt es also einige Faktoren, die zu berücksichtigen sind.
Im GPZ-Forum hat vor ein paar Tagen jemand eine GPZ-A (offene 60 PS) mit dem Ergebnis von etwa 50 PS am Hinterrad messen lassen...